تغيَّر شكل العلم بعد تولي الرئيس السادات مقاليد الحكم، وتحديدًا بعد إعلان اتحاد الجمهوريات العربية الثلاثة مصر وسوريا وليبيا.

بعد الوحدة بين مصر وسوريا عام ١٩٥٨ ، تغيَّر شكل العلم ليصبح ثلاثي الألوان أحمر وأبيض وأسود، يتوسَّط المساحةَ البيضاءَ نجمتان خضراوان في إشارة إلى مصر وسوريا.

في أثناء الاحتفال بمرور ستة أشهر على ثورة يوليو ١٩٥٢ ظهر لأول مرة علم هيئة التحرير ذو الألوان الثلاثة الأحمر والأبيض والأسود، يتوسَّطه نسر صلاح الدين الذي اتُّخذ شعارًا للجمهورية.

دخلت مصر العصر الملكي بعد اعتـراف بريطانيـا باستقلالها، وتغيَّر شكل العلم مرة أخرى.

بعد قيام الحرب العالمية الأولى عام ١٩١٤ وإعلان الحماية البريطانية وإسقاط التبعية العثمانية، تولّى السلطان حسين كامل حكم البلاد.

في عهد الخديوي محمد توفيق أُعيد العلم العثماني القديم الأحمر ذو الهلال والنجمة السباعية في عام ١٨٨٢ .

بعد تولي الخديوي إسماعيل الحكم تغيّر شكل العلم ليصبح به ثلاثة أهلَّة بيضاء، بداخل كل منها نجمة خماسية بيضاء على الأرضية الحمراء المعتادة.

بعد أن انفرد محمد علي بحكم مصر وأحكم سيطرته على البلاد، كان العلم باللون الأحمر يتوسطه هلال ونجمة خماسية لتمييزه عن العلم العثماني.